Järjellä tarkoitetaan ihmisen luontaista kykyä älyllisiin toimiin, ajattelu- ja käsityskykyä. Kristilliseen uskoon järki liittyy esimerkiksi kysyttäessä mitä ihminen voi ymmärtää tai tietää Jumalasta puhtaasti järkensä avulla. Järjestä puhuttaessa voidaan esimerkiksi kysyä voiko ihminen todistaa järjellä Jumalan olemassaoloa tai löytää tietä pelastukseen?
Luterilaisen uskon mukaan järki on hyvä, Jumalan luoma asia, jota ihminen saa, ja jota ihmisen tulee hyödyntää. Järjen ja omantunnon avulla ihminen voi ymmärtää ja käsittää paljon Jumalan luomakunnasta. Toisaalta järjellä on myös selkeät rajansa, joita se ei voi ylittää. Järjellä ei voi ymmärtää esimerkiksi Jumalan olemusta koskevien salaisuuksien suuruutta (kolminaisuus ym.), eikä ihmisen perisyntisyyttä. Tällaiset esimerkit ovat ilmoitustotuuksia, jotka on uskottava ainoastaan Jumalan sanan pohjalta.
Ihmisen perisyntisyyden takia järki on vajavainen ja se tulee alistaa Jumalan sanan ilmoitukselle. Tämä ei tarkoita sitä, että kristittynä ei tulisi käyttää järkeä, vaan että oman järjen sotiessa Raamattua vastaan, on uskottava Jumalan sanaan oman järjen sijasta. Ennen kaikkea tämä pitää paikkansa suhteessa Jumalaan ja pelastukseen, mutta myös muihin asioihin. Ihminen voi ymmärtää järkensä avulla etiikkaa tiettyyn pisteeseen saakka, mutta lopulta Raamatusta on löydettävissä tieto siitä, millaista on oikea kristillinen elämä. Perisyntinen luonto näkee usein pahan hyvänä ja hyvän pahana.
Tunnustuskirjat korostavat raamatullista ajatusta, että ihmiselle on suotu järjellinen ajattelukyky lahjana, jonka kautta ihminen voi tehdä vapaasti niin hyvää kuin pahaakin. Kuitenkaan ihminen ei järjellään voi koskaan saada aikaan muutosta suhteessa Jumalaan. Ihmisen järki ei kykene löytämään eikä vastaanottamaan pelastusta, vaan usko syntyy kokonaan Jumalan ansiosta (esim. CA XVIII). Paavali kirjoittaakin ensimmäisessä kirjeessään korinttilaisille: ”Ihminen ei luonnostaan ota vastaan Jumalan Hengen puhetta, sillä se on hänen mielestään hulluutta. Hän ei pysty tajuamaan sitä, koska sitä on tutkittava Hengen avulla” (1. Kor. 2:14).
Uskonpuhdistuksen aikana järkeen liittyviä kysymyksiä käsiteltiin erityisen paljon liittyen ehtoolliseen. Reformoidut tahot halusivat kieltää ehtoollisen asetussanat kirjaimellisen tulkinnan järjen vastaisina ja siten kieltää myös Kristuksen todellisen, ruumiillisen, läsnäolon ehtoollisella. Luterilaista ymmärrystä ehtoollisesta kritisoitiin esimerkiksi sanomalla, ettei taivaaseen astunut Kristus voinut olla samanaikaisesti sekä taivaassa että ehtoollisaineissa. Lutheria syytettiin myös roomalaiskatolisesta taikauskosta. Luther vastusti tällaista rationalistista tulkintaa syytöksineen kiivaasti ja palasi kerta toisensa jälkeen Kristuksen sanojen yksinkertaiseen, kirjaimelliseen tulkintaan: ”tämä on minun ruumiini”.
Ihmisellä on siis kiusaus käyttää Jumalan luomaa hyvää lahjaa, järkeä, väärin. Järki kuvittelee herkästi löytävänsä totuuden myös hengellisien totuuksien kohdalla ja on näin vaarassa harhautua. Oikeassa suhteessa kristilliseen uskoon järki on ollessaan alistettuna Jumalan sanalle kuitenkin samalla etsien lisääntyvää ymmärrystä. Kristityn ei siis tule yrittää kieltää järkeään, vaan myös tämän Jumalan hyvän lahjan avulla tutkia Jumalaa ja Hänen sanaansa samalla muistaen järkensä rajat.
