Vanhassa testamentissa salaisuudesta käytetty heprean sana sod tarkoittaa neuvottelua tai salaista neuvonpitoa. Sanaa käytettiin myös luotettujen ihmisten piiristä, johon ulkopuolisilla ei ollut asiaa. Uuden testamentin kreikassa salaisuudesta käytetään sanaa mysterion, joka johtuu verbistä myeoo eli vihkiä. Pakanallisissa uskonnoissa sillä tarkoitetaan nimenomaan vihkimistä salamenoihin tai salaisiin oppeihin.
Vanhassa testamentissa sana ”salaisuus” esiintyy useimmiten vain maallisessa merkityksessä. Vasta Vanhan testamentin ainoassa apokalyptisessa kirjassa, Danielin kirjassa, salaisuus saa suunnilleen saman merkityksen kuin sillä on Uudessa testamentissa. Danielin kirjassa (2:19, 29, 47; 4:6) salaisuus tarkoittaa tulevista tapahtumista annettua verhottua tai vertauskuvallista ilmoitusta. Samassa merkityksessä sanaa käytetään Ilmestyskirjassa (esim. 17:5, 7).
Jeesus puhuu salaisuudesta, kun Hän koettaa vertausten avulla opettaa Jumalan valtakunnan olemusta ja merkitystä. Nämä opetuspuheet vetävät rajan opetuslasten ja muiden ihmisten välille, sillä vain Jeesuksen seuraajat ymmärtävät vertauksiin sisältyvät salaisuudet. Muille ne jäävät kätketyiksi. Jeesuksen vertauksissa oli kyse siitä, että maailman alusta asti piilossa olleet Jumalan salaisuudet paljastetaan maailmalle (Matt. 13:34-35). Niiden ymmärtäminen edellyttää kuitenkin uskoa.
Myös Jeesuksen ihmiseksi tuleminen esitetään evankeliumeissa salaisuutena, vaikkei tätä sanaa siinä yhteydessä käytetäkään. Tämä näkyy esim. siinä, kun Pietari tunnustaa Jeesuksen Messiaaksi, elävän Jumalan Pojaksi. Tämän salaisuuden paljastuminen on mahdollista vain, jos Jumala itse ilmoittaa sen ihmisille (Matt. 16:16-17). Jeesuksen jumaluus ja ihmisyys eivät paljastu ihmisviisaudelle tai järjelle. Kristus-salaisuus on Jumalan ilmoituksen kohde. Jeesus säilytti messias-salaisuuden siihen asti kun paljasti sen juutalaisten johtomiehille juuri ennen ristiinnaulitsemistaan (Matt. 26:63-64; Mark. 14:61-62; Luuk. 22:67-70).
Paavali käyttää sanaa ”salaisuus” useammin (20 kertaa) kuin muut yhteensä. Hänelle Jumalan pelastussuunnitelma on salaisuus, joka ilmoitetaan ihmiskunnalle evankeliumin sanassa. Kristus on kutsunut apostolit tuon salaisuuden julistajiksi: ”Jumala suunnitelmansa mukaisesti uskoi minun tehtäväkseni ilmoittaa teille täydellisen sanansa, salaisuuden, joka on ollut kätkössä aikojen alusta, sukupolvesta toiseen, mutta jonka Jumala nyt on paljastanut pyhilleen” (Kol. 1:25-26). Jumalan salaisuus paljastetaan julistuksen lisäksi myös ”profeetallisissa kirjoituksissa” (Room. 16:26).
Paavali ilmoittaa myös tuon salaisuuden sisällön: ”Hän on tahtonut antaa heille tiedoksi, miten häikäisevän kirkas on tämä kaikille kansoille ilmaistava salaisuus: Kristus teissä, kirkkauden toivo” (Kol. 1:27). Salaisuuden ytimenä on siis se, että iankaikkinen pelastus toteutuu niissä, joissa Kristus on, ja jotka ovat Kristuksessa.
Paavali samastaa toisiinsa Jumalan salaisuuden ja Kristuksen: ”Toivon, että he … saisivat rohkeutta ja saavuttaisivat rikkaimman ja syvimmän tiedon: tulisivat tuntemaan Jumalan salaisuuden, Kristuksen, jossa kaikki viisauden ja tiedon aarteet ovat kätkettynä” (Kol. 2:2-3). Kristuksen tuntemisen kautta ihminen alkaa ymmärtää laajemminkin Jumalan salaisuuden sisältöä. Tuon salaisuuden sisältönä on kaikki se, mikä liittyy ihmisen pelastumiseen. Seurakunnan palvelijan tulee Paavalin mukaan ”tuntea uskon salaisuus”, jotta hän voi ilmoittaa sen ihmisille (1. Tim. 3:8).
Evankeliumin salaisuuteen kuuluu myös Kristuksen ja seurakunnan suhde, jota Paavali kutsuu ”suureksi salaisuudeksi”. Seurakunta on Kristuksen ruumis, ja Vapahtaja pitää siitä hyvää huolta, ravitsee ja vaalii sitä (Ef. 5:25-32). Tämäkin on Jumalan ilmoitukseen perustuva totuus, jota järki ei voi paljastaa.
Myös Kristuksen paluuseen liittyy monia salaisuuksia. Kukaan ei tiedä Hänen takaisin tulemisensa ajankohtaa (Matt. 24:42, 44; 25:13; Mark. 13:32). Samoin ei kukaan luonnostaan tiedä etteivät kaikki kuole, mutta kaikki muuttuvat Kristuksen tullessa. Silloin saavat maan päälle jääneet uuden, kuolemattoman ruumiin (1. Kor. 15:51). Salaisuus on myös se laittomuus, Antikristuksen henki, joka vaikuttaa jo ennen näkyvää tuloaan (2. Tess. 2:7).
Varhaiskirkossa varsinkin ehtoollinen alettiin nähdä Kristuksen salaisuutena, mysteerina.
Tämän perusteena oli mm. Paavalin opetus: ”Meitä on pidettävä Kristuksen palvelijoina, joiden huostaan on uskottu Jumalan salaisuudet (kreikaksi mysteerioon)” (1. Kor. 4:1). Ehtoollinen ymmärrettiin yhtenä tällaisena salaisuutena, jonka hoitajaksi Kristus on asettanut apostolit ja seurakunnan paimenet.
Ehtoollisen salaisuuteen ymmärrettiin kätkeytyvän Jumalan koko pelastustyön. Tunnustuskirjojenkin mukaan ehtoolliseen sisältyy yliluonnollisia ja taivaallisia salaisuuksia (Yksimielisyyden ohje 7. 127). Kreikan kielessä mysterion tulikin myöhemmin merkitsemään samaa kuin latinan kielessä sacramentum, sakramentti. 1200-luvulla elänyt Tuomas Akvinolainen käytti sanoja sacramentum ja mysterium samassa merkityksessä, muidenkin kuin ehtoollisen sakramentin yhteydessä.
Myös pakanauskonnoissa, esim. gnostilaisuudessa, puhutaan paljon salaisuuksista, mysteereistä. Ne eroavat kristinuskon salaisuuksista siinä, että pakanalliset salaisuudet on tarkoitettu vain valituille ja niihin vihityille henkilöille, kun taas kristinuskon salaisuuksia julistetaan avoimesti kaikille ihmisille. Kristinuskon salaisuudet eivät myöskään ole mytologisia vaan liittyvät historiallisiin tapahtumiin: Jeesuksen syntymään, kuolemaan, ylösnousemukseen, taivaaseenastumiseen ja paluuseen, sekä Kristuksen konkreettiseen läsnäoloon Jumalan sanassa ja sakramenteissa seurakunnassa.
